L'employeur peut-il conserver les certificats médicaux dans le dossier du salarié ?
Réponse courte
Oui, mais seulement ce qui atteste l'incapacité et sa durée. Le certificat prévu par l'article L.121-6 est le justificatif de l'absence : le salarié doit avertir l'employeur le jour même de l'empêchement et lui soumettre le certificat au plus tard le troisième jour de son absence.
Ce document sert deux finalités précises — établir le droit au maintien de la rémunération et déclencher la protection contre le licenciement, qui court pendant vingt-six semaines à partir de la survenance de l'incapacité. Ces finalités justifient la conservation ; elles n'en justifient pas davantage.
Tout ce qui excède l'attestation d'incapacité relève des données de santé, dont l'article 9 du RGPD interdit le traitement par principe. Un diagnostic, une pathologie, une annotation sur l'état du salarié n'ont pas leur place dans le dossier, et leur présence constitue un traitement sans base licite.
Définition
Le certificat médical d'incapacité atteste que le salarié est hors d'état de travailler et indique la durée prévisible de cette incapacité. Il ne mentionne pas le motif médical, et n'a pas à le faire.
Le dossier médical est autre chose : il est constitué et détenu par le médecin du travail, couvert par le secret médical, et l'employeur n'en reçoit que l'avis d'aptitude issu de l'examen d'embauche (L.326-1).
Conditions d’exercice
La ligne de partage ne passe pas entre les documents mais entre les informations qu'ils contiennent.
| Information | Conservable | Motif |
|---|---|---|
| Existence et durée de l'incapacité | Oui | Justificatif de l'absence et du maintien de la rémunération |
| Date de survenance de l'incapacité | Oui | Point de départ de la protection de vingt-six semaines |
| Diagnostic, pathologie, traitement | Non | Donnée de santé, traitement interdit par principe (RGPD, article 9) |
| Annotations de l'employeur sur l'état du salarié | Non | Traitement de données de santé sans base licite |
| Avis d'aptitude du médecin du travail | Oui | Document que l'employeur reçoit régulièrement |
| Dossier médical du salarié | Non | Détenu par le médecin du travail, couvert par le secret |
Modalités pratiques
Le tri se fait à la réception : ce qui n'est pas conservable ne doit pas entrer dans le dossier.
| Geste | Marche à suivre |
|---|---|
| Réception du certificat | Enregistrer la date de réception et la durée de l'incapacité |
| Certificat portant un diagnostic | Ne pas le recopier ni l'annoter ; en limiter l'accès |
| Accès | Réserver aux personnes chargées de la gestion des absences |
| Durée de conservation | Le temps de la gestion de l'absence, puis de la prescription salariale |
| Prolongations successives | Conserver la chronologie, qui détermine le terme des vingt-six semaines |
| Fin de la relation de travail | Purger, sauf litige en cours sur l'absence ou son indemnisation |
Pratiques et recommandations
La protection contre le licenciement rend la date de réception décisive. L'employeur averti conformément au paragraphe 1er de l'article L.121-6, ou en possession du certificat, ne peut plus notifier de licenciement ni convoquer à l'entretien préalable — même pour motif grave — pendant vingt-six semaines. Savoir précisément quand l'avertissement a été reçu conditionne la régularité de toute décision ultérieure.
La séparation physique des certificats du reste du dossier est une précaution simple et efficace. Elle limite l'accès aux données de santé, facilite la purge, et se démontre immédiatement lors d'un contrôle de la CNPD.
Attention enfin aux copies dispersées. Un certificat transmis par courriel au responsable hiérarchique, puis au service paie, puis archivé, existe en trois exemplaires dont deux échappent à toute politique de conservation. Centraliser la réception règle le problème à la source.
Cadre juridique
| Référence | Objet |
|---|---|
| Article L.121-6 du Code du travail | Avertissement le jour même, certificat au plus tard le troisième jour, protection contre le licenciement pendant vingt-six semaines |
| RGPD, article 9 | Interdiction de principe du traitement des données concernant la santé |
| RGPD, article 5, paragraphe 1, points c) et e) | Minimisation et limitation de la conservation |
| RGPD, article 32 | Sécurité adaptée au risque, renforcée pour les données sensibles |
| Article L.326-1 du Code du travail | Examen médical d'embauche par le médecin du travail |
Note
Seules l'existence et la durée de l'incapacité se conservent ; le diagnostic est une donnée de santé que rien n'autorise à traiter. Enregistrez la date de réception du certificat : elle fixe le point de départ de la protection de vingt-six semaines.